Напомню, что их вред не абсолютен. В разумных дозах они приносят пользу. Но если разумность дозы превысить, получим явный вред и ущерб!
Если говорить коротко, то вышеупомянутая статья объясняет это следующим образом. Антиоксиданты помогают клеткам организма выживать. Но они помогают выживать всем клеткам без разбора: и здоровым, и больным. Плюс контекст. Отсюда и dark side.
